黄一丰偷偷将十珍斋的牌子卖给丁冬强，可赎金还是不够。黄一丰和玉兰劝李时珍把修《本草》的一万两银子先拿出来赎儿子，可李时珍没有答应。
李时珍万般无奈，找到李行义帮忙，李行义让他不要着急，答应想办法。李行义找到锦衣卫的雷子哥出面查找，孩子很快救出。绑匪原是黄一丰结义的把兄弟张军。李时珍带着斯语来见李行义表示感谢。
李行义救孩子的事引起崔方的怀疑。李行义意识到李时珍必须尽快离开太医院，不然会影响自己的复仇大计。
李时珍第38集剧情介绍李时珍的两个儿子虽然救回来了，但是他们还常常从睡梦中惊醒。这让斯语感到京城不是久呆之地。李行义找到斯语，让她劝李时珍赶快离开京城，不然孩子还会有危险。斯语下定决心带孩子们离开，李时珍坚持留下修《本草》，一家人含泪离散。
张惠妃和杨敬妃为了争宠斗得不可开交，张惠妃怀孕，杨敬妃心情狂燥，担心自已地位不保，找到李行义求助。李行义来到张惠妃府上，假装关心其饮食起居，设下圈套，并推荐李时珍为其把脉，以保胎儿安全。张惠妃对李行义的指点心存感激。
李时珍第39集剧情介绍张惠妃因服用李时珍开的保胎药而流产，皇上大怒，欲治罪李时珍，李行义劝皇上将李时珍发配民间，将功补过，皇上照准。
李时珍知道自己是被冤枉了，但却有口难辩。李行义前来为李时珍送行，李时珍行至半道私自返回京城，潜入黄一丰处，想将自已的冤情查清。
李时珍找到金基泰，让其从太医院偷出张惠妃用过的药渣和药灌，未能得手。李时珍被丁冬强发现，并马上报告了官府。官方四处搜查李时珍，长葶将李时珍藏到白云观的密室里。
斯语回到家乡后放心不下李时珍，再次重返京城，得知李时珍的遭遇，为他担心不已。
李时珍第40集剧情介绍长葶带斯语到密室和李时珍相见，自己却默默离去。
李时珍派金基泰找徐长明帮忙取出药灌，却遭到杨洪勤的阻拦，徐、杨两人闹翻。李时珍又求苌葶帮助。苌葶以视察太医院为名，来到太医院库房，设法将药灌打碎带出宫中，经李时珍查验，药灌碎片上果然有毒。
苌葶将药灌下毒一事上报皇上，嘉靖赦免了李时珍，并责令大太监崔方彻查。经崔方查证，为张惠妃送药灌的太监已自杀，死无对证，于是将张惠妃身边的贴身丫头紫兰顶罪处死。张惠妃不服，告诉皇上此事一定是杨敬妃干的。嘉靖大怒，下令将杨敬妃软禁宫中。
